Håkan Nesser föddes på Elvesta gård utanför Kumla, Närke, den 21 februari 1950. Fadern, Sven August, var lantbrukare, modern Maria kontorist. 1953 flyttade familjen in till staden, Nyhemsgatan, fadern sålde gården och arrenderade istället mark som han brukade fram till sin pensionering 1967.

Håkan var enda barnet och gick i skola i Hagaskolan och i Kumla kommunala realskola, innan han tog studenten i Hallsberg på Alléskolan 1968. Om dessa barn- och ungdomsmiljöer på 60-talet har han skrivit i de bägge böckerna Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö (1998) och och Piccadilly Circus ligger inte i Kumla (2002). 1969 reste Nesser till Uppsala och började studera humaniora: Engelska, Litteraturhistoria, Nordiska språk, Historia, Filosofi. Så småningom genomgick han lärarhögskolan, där han utexaminerades som adjunkt i svenska och engelska 1974. Efter några år som lärare på Valstaskolan i Märsta fick han tjänst på Tunabergsskolan i Uppsala 1979 och verkade där fram till 1998, då han övergick till att vara författare på heltid.

I äktenskapet med Anne har Nesser två barn, Johannes (f.1973) och Sanna (f.1980). Anne och Håkan skildes 1984 och det var något år efter denna separation som författarskapet började. Debuten skedde med Koreografen (1988), en existentiell kärleksroman, som fick genomgående gott mottagande i pressen, men som inte innebar någon försäljningsframgång. Fem år senare var det dags för den första renodlade kriminalromanen, Det grovmaskiga nätet (1993), en bok som belönades med Svenska Deckarakademins pris för årets bästa debutverk i genren, och som kom att bli den första i den så kallade Maardamdekalogin - de tio böckerna om kommissarie Van Veeteren och hans kolleger i den fiktiva staden Maardam någonstans i norra Europa. Serien har blivit en stor publik framgång, både i Sverige och utomlands; böckerna har publicerats i mer än 25 länder och sålt i över tio miljoner exemplar.

Bland utmärkelser som Nesser fått kan nämnas:

• Svenska deckarakademins pris för bästa svenska kriminalroman (Borkmanns punkt 1994 och Kvinna med födelsemärke 1996)
• Skandinaviska Kriminalsällskapets Glasnyckel för bästa kriminalroman i Norden (Carambole 2000)
• Bokhandeln Lundeq´s romanpris (Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö 1998)
• Nerikes Allehandas kulturpris 1999
• SKTF´s pris till årets författare (och Piccadilly Circus ligger inte i Kumla 2002)
• Sveriges Radios novellpris 2006 för novellen "Förrättningen" (Ingår i "Från doktor Klimkes horisont")
• Palle Rozenkrantzpriset för bästa kriminalroman på danska 2007 – för Skuggorna och regnet
• Svenska Deckarakademins pris för bästa svenska deckare 2007 – En helt annan historia. Första författaren att erhålla priset tre gånger
• SNCF:s pris för bästa franska kriminalroman 2007 – Kommissarien och tystnaden

I Maardamsviten har nio av böckerna filmats, både för TV och bio, samtliga med Sven Wollter i huvudrollen. ”Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö” hade biopremiär i september 2005 och blev en stor framgång hos både publik och kritiker. Vintern 2010 är det premiär på den nyligen inspelade ”och Piccadilly ligger inte i Kumla”.

Efter Van Veeterenserien har Nesser publicerat: romanen ”Skuggorna och regnet” (2004), berättelsesamlingen ”Från doktor Klimkes horisont” (2005) samt de tre första delarna i en planerad kvartett om kriminalinspektör Gunnar Barbarotti; ”Människa utan hund” (2006), ”En helt annan historia” (2007) och ”Berättelse om herr Roos” (2008).

Håkans nya bok ”Maskarna på Carmine Street” utkommer 14/8 2009. Det är en fristående roman som till största delen utspelar sig i New York.

Sedan 2000 är Håkan gift med Elke och har fått två bonusbarn, Johannes och Elina. Sommaren 2006 flyttade Håkan och Elke (tillsammans med hunden Norton och katten Nelson) till New York, där de bodde i Greenwich Village. Sedan hösten 2008 har de varit bosatta i London.