Håkan Nesser föddes på Elvesta gård utanför Kumla, Närke, den 21 februari 1950. Fadern, Sven August, var lantbrukare, modern Maria kontorist. 1953 flyttade familjen in till staden, Nyhemsgatan, fadern sålde gården och arrenderade istället mark som han brukade fram till sin pensionering 1967.
Håkan var enda barnet och gick i skola i Hagaskolan och i Kumla kommunala realskola, innan han tog studenten i Hallsberg på Alléskolan 1968. Om dessa barn- och ungdomsmiljöer på 60-talet har han skrivit i de bägge böckerna Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö (1998) och och Piccadilly Circus ligger inte i Kumla (2002). 1969 reste Nesser till Uppsala och började studera humaniora: Engelska, Litteraturhistoria, Nordiska språk, Historia, Filosofi. Så småningom genomgick han lärarhögskolan, där han utexaminerades som adjunkt i svenska och engelska 1974. Efter några år som lärare på Valstaskolan i Märsta fick han tjänst på Tunabergsskolan i Uppsala 1979 och verkade där fram till 1998, då han övergick till att vara författare på heltid.
I äktenskapet med Anne har Nesser två barn, Johannes (f.1973) och Sanna (f.1980). Anne och Håkan skildes 1984 och det var något år efter denna separation som författarskapet började. Debuten skedde med Koreografen (1988), en existentiell kärleksroman, som fick genomgående gott mottagande i pressen, men som inte innebar någon försäljningsframgång. Fem år senare var det dags för den första renodlade kriminalromanen, Det grovmaskiga nätet (1993), en bok som belönades med Svenska Deckarakademins pris för årets bästa debutverk i genren, och som kom att bli den första i den så kallade Maardamdekalogin - de tio böckerna om kommissarie Van Veeteren och hans kolleger i den fiktiva staden Maardam någonstans i norra Europa. Nessers böcker har blivit översatta till mer än 30 språk och har sammanlagt sålts i cirka 15 miljoner exemplar.
Maardamsviten har filmats för bio och TV med Sven Wollter i huvudrollen. ”Kim Novak badade aldrig i Genesarets sjö” hade biopremiär 2005 och ”Piccadilly Circus ligger inte i Kumla” 2014.
Efter böckerna om Van Veeteren har Nesser publicerat ytterligare en serie - Barbarottikvintetten; den första delen, "Människa utan hund" utkom 2006, den sista "Styckerskan från Lilla Burma" 2012. Dessutom den s.k. Storstadstrilogin, tre böcker som utspelar sig i respektive New York, London och Berlin - samt ett antal fristående romaner, t.ex. den prisbelönta "Levande och döda i Winsford" från 2014.
Sedan 2000 är Håkan gift med Elke och har fått två bonusbarn, Johannes och Elina. Mellan 2006 och 2013 bodde Håkan och Elke utomlands, i New York och Storbritannien; efter återkomsten till Sverige delar man huvudsakligen sin tid mellan Gotland och Stockholm.
Bland utmärkelser som Nesser fått kan nämnas:
